A transferência de embriões é feita por meio de um cateter posicionado no interior do útero, via transvaginal, com auxílio de ultrassom abdominal. No laboratório, o embriologista carrega os embriões no cateter de transferência, com auxílio de visualização em microscópico, e leva ao centro cirúrgico, onde o médico estará com um cateter guia já posicionado na paciente. O cateter com os embriões passa, então, por dentro desse guia, e os embriões são depositados em um ponto específico do interior do útero. É um procedimento indolor, que em geral não requer nenhum tipo de sedação para ser realizado.

A transferência embrionária pode ser realizada no ciclo a fresco ou em um ciclo com embriões descongelados e preparo endometrial específico. O estágio de desenvolvimento dos embriões a serem transferidos varia de acordo com o caso. Essa é uma decisão conjunta da equipe médica e de embriologistas, que vão sugerir a melhor conduta em cada caso, respeitando, claro, a decisão dos pacientes.

Uma dúvida comum é a quantidade de embriões que deve ser transferida. O Conselho Federal de Medicina, em sua última Resolução (nº 2.294, de 27 de maio de 2021), estabeleceu os seguintes limites no número de embriões a serem transferidos:
- Mulheres com até 37 anos: até 2 (dois) embriões
- Mulheres com mais de 37 anos: até 3 (três) embriões
- Em caso de embriões euploides ao diagnóstico genético; até 2 (dois) embriões, independentemente da idade
- Nas situações de doação de oócitos, considera-se a idade da doadora no momento de sua coleta.